Η γυναικεία ομάδα υδατοσφαίρισης πρωταγωνιστεί τα τελευταία δέκα χρόνια στο πρωτάθλημα της Α1 Εθνικής Κατηγορίας και έχει καθιερωθεί στη συνείδηση των φιλάθλων, ως ένα αξιόλογο εύρωστο αθλητικό σύνολο. Στην ομάδα αγωνίζονται Ελληνίδες αθλήτριες, τρεις από τις οποίες αποτελούν μόνιμα μέλη της Εθνικής Ομάδας με διακρίσεις σε Ευρωπαϊκό και Παγκόσμιο επίπεδο.
Την αγωνιστική περίοδο 2002-2003, η ομάδα κατέκτησε την τρίτη θέση στο πρωτάθλημα, ενώ την αγωνιστική περίοδο (2005-2006) κατέκτησε την 4η θέση. Αυτό είχε ως αποτέλεσμα να εκπροσωπήσει τη χώρα μας στο Len Trophy, που το 2003 διεξήχθη στην Ισπανία, ενώ το Δεκέμβριο του 2006 η πρώτη φάση διεξήχθη στην Ουγγαρία, όπου και τα κορίτσια της ΝΕΠ κατάφεραν να κερδίσουν και τις έξι ομάδες (Ουγγαρία, Γαλλία, Ισπανία, Ιταλία, Ρωσία και την Αγγλία). Στη δεύτερη φάση που έγινε στην Ιταλία, κατάφεραν και πάλι να κερδίσουν όλες τις αντίπαλες ομάδες και στη τρίτη φάση, φτάνοντας
στους ημιτελικούς και κατακτώντας τελικά την πέμπτη θέση. Την περσινή αγωνιστική χρονιά κατέλαβαν την τέταρτη θέση στην Α1 Εθνική κατηγορία και κατάφεραν και πάλι να πάρουν το εισιτήριο για την συμμετοχή τους στην μεγάλη Ευρωπαϊκή διοργάνωση Len Trophy, της οποίας η πρώτη, φάση έγινε στην Ισπανία στις 28 Νοεμβρίου με 2 Δεκεμβρίου χωρίς ωστόσο να καταφέρει να προκριθεί στην επόμενη φάση.

Την περίοδο 2008-09 η γυναικεία ομάδα της ΝΕΠ κάνει ένα νέο ξεκίνημα με νέο προπονητή τον έμπειρο τεχνικό Γιώργο Κακουλίδη, ο οποίος στο παρελθόν έχει κάτσει στον πάγκο της ανδρικής ομάδας της ΝΕΠ και του ΝΟΠ. Την σεζόν 2009-΄10 η ΝΕΠ συμμετείχε με αξιώσεις στο Len Trophy, φτάνοντας μέχρι τον ημιτελικό της διοργάνωσης, ενώ έχει σαν στόχο και μία θέση μέσα στην 4άδα της Α1.